资源分散成为抑制国家自主创新的主要因素，由此引发科技创新实体间的相互封闭，协同创新成为解决科技创新结构性矛盾的重要手段。高校已具有参与协同创新的重要基础，协同创新成为高校提升创新能力的重要手段。高校参与协同创新需要在学科间协同创新、校企间协同创新、协同创新联盟以及教育与科研活动协同创新等方面有所突破。
进入新世纪以来，科技资源的跨境流动开始变得活跃，围绕一个总体研究目标、超出国家间科技合作范畴进行的国际大科学工程和计划已经成为国家间合作竞争的重要形式。国际大科学计划和工程具有投资强度大、多学科交叉、实验设备昂贵复杂、研究目标宏大等特点，需要相对集中的科技资源配置、国家层面的整体调控和科技创新主体的相互配合，如人类基因图谱研究、全球变化研究等等都是典型的大科学项目。这类科研方式的出现使科技管理模式发生了重要改变，科技管理的重点从研发管理转向创新管理，科技创新由单纯研发扩展到整个创新链。围绕创新链进行有机的整合，构建围绕创新链进行多部门的协同创新是当前国家的一个重要任务。
建立在协作基础上的大科学研究成为当前中国面临的重要挑战，科技资源分散和科技创新主体的相互隔绝成为抑制自主创新和建设创新型国家的主要障碍，推动自主创新的关键落到解决创新组织的结构性矛盾上来。
首先是国家科技资源配置分散重复。科技资源配置部门尚未形成完善的资源配置机制方面的分工合作机制，国家发改委、科技部、财政部、教育部、国资委、工信部、中科院、工程院等，以及地方政府都有相应的政策和资金支持，但是存在重复资助和资源浪费的突出问题。一些地方热衷于铺摊子，重复投入、重复建设，表现出无序发展的不良趋势；另一方面由于条块分割，科技资源分散，产学研脱节，技术推进步伐缓慢。部门间的统筹协调能力需要进一步改进，推动公共科技资源的社会共享工作仍有待进一步加强。
其次是科技创新主体和活动的分散重复。企业、高校、科研院所等各方科技力量自成体系、独立运行，导致国家整体创新凝聚力不强，难以适应联合攻关的要求，迫切需要集成整合。企业是科技创新的主体，但我国企业自主创新能力总体上比较薄弱。2009年我国大中型工业企业有研发活动的只有30.5％，研发投入占主营业务收入的比例只有 0.96％，远低于发达国家企业研发投入2.5％～4％的水平。另外，企业的技术集成能力及市场开拓能力也比较薄弱。现代科研院所的管理制度尚未真正建立，政府所属研究机构还有将近4000家，而其中年科研经费低于100万元、科研人员低于50人的院所占50％以上。大学还是习惯追求大而全的发展模式，并未意识到各自特色和优势可以发挥更大的协同效应。高校、科研院所、企业之间基于利益驱动的自愿协同创新尚未成型，造成基础研究、应用基础研究、开发研究没有形成一个完整的链条，导致我国科技创新能力不强。
再次是科学仪器设备的分散重复。据统计，不少发达国家的仪器设备利用率都超过150％，而我国拥有的科学仪器设备的数量比欧盟15国的总量还多，但许多仪器设备利用率却不及发达国家。
科技资源的分散性导致科技生产的封闭性。中国的科研领域患上“自闭症”小作坊生产的观念严重阻碍了科研创新，特别是当大学与大学之间、大学与科研院所之间作为争夺科技资源的竞争者时，相互的合作和联系更是少之又少。当面临开展国家急需的战略性研究、科学技术尖端领域的前瞻性研究、涉及国计民生重大问题的公益性研究的时候，分散化的科技创新体系往往会增加创新主体间的协调成本，延缓科技创新进度，使得在国际科技竞争中处于被动。
协同创新（Collaborative Innovation）由美国麻省理工学院斯隆中心（MIT Sloan’s Center for Collective Intelligence）的研究员彼得•葛洛（Peter Gloor）最早给出定义，即“由自我激励的人员所组成的网络小组形成集体愿景，借助网络交流思路、信息及工作状况，合作实现共同的目标”。有学者提出,“产学研协同创新是指企业、大学、科研院所（研究机构）三个基本主体投入各自的优势资源和能力，在政府、科技服务中介机构、金融机构等相关主体的协同支持下，共同进行技术开发的协同创新活动。”其特点在于，创新主体有创新的能力、有统一的目标或意愿、有政策资金的支持、有便于沟通的机制、有信息共享的平台、有收益的预期或考虑等。协同创新不同于原始创新过程的协调合作，也有别于集成创新、引进消化吸收再创新过程的产品技术要素整合，其本质属性是一种重要的管理创新。某种程度上，协同创新是解决科技资源分散和科技创新实体间彼此封闭性的重要手段。
全面提升高等教育质量是当前高校发展的主要任务，而创新是提高质量的灵魂，协同创新同时也是高校提升创新能力的重要途径。高等学校要提升创新能力，就必须通过协同创新的纽带，带动人才培养、科学研究、社会服务和文化创承创新等各项事业的全面发展。
《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》提出“建设科研院所与高等院校积极围绕企业技术创新需求服务、产学研多种形式结合的新机制”、“促进科研院所之间、 科研院所与高等院校之间的结合和资源集成”。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010－2020年）》强调“探索高等学校与行业、企业密切合作共建的模式，推进高等学校与科研院所、社会团体的资源共享，形成协调合作的有效机制，提高服务经济建设和社会发展的能力”。这些纲领性文件都为高校参与协同创新打下了坚实的基础、指明了前进的方向。
摆在高校面前的问题是，如何瞄准国家和地区战略需求，加快学科结构调整和科技创新平台建设，提升承担大科研项目的能力；如何着眼于战略性新兴产业发展，加强行业共性技术和核心关键技术研发，推进产学研用紧密融合，积极参与国家和区域产业技术创新战略联盟，加速把科技成果转化为现实生产力；如何发挥高校多学科多功能优势，联合国内外各类创新力量，推进各方力量的深度融合，与国家有关部委、地方政府、大中型企业、国内外著名高校和科研机构开展深度合作，建立一批协同创新平台，成为具有国际重大影响的学术高地、行业产业共性技术的研发基地和区域创新发展的引领阵地。
此外，当前高等学校最为急迫的还是解放思想、更新观念问题。只有抓住、抓好在思想、观念、思路上实现“创新”这一根本，打破传统和惯性思维模式，高起点站位、高水平谋划、高标准设计，在突破体制性障碍上下功夫，在促进各类创新力量深度融合、密切合作上下功夫，在加强顶层设计、组织大团队上下功夫，在挖掘国内资源、利用国际资源上下功夫，在组织管理、绩效评价、权益分配、信息沟通、资源共享等协同机制上下功夫，才有可能在协同创新中取得新突破。
1、 着眼于协同和引领，加强方案的顶层设计
协同创新的宏观战略思考要付诸实施，首先要进行方案的顶层设计，制定具有前瞻性、可持续性、可操作性的发展规划和实施方案。
在原始创新领域，要坚持以面向国家重大需求的大团队协同研究为驱动，超前部署若干重大科学问题研究，集中优势力量，取得一批重大原始创新成果，突破一批关系经济社会发展重要方向的关键科学问题和前沿技术。面向世界科学前沿，持续稳定地支持和引导科学家及其领衔的团队，在国家需求与科学前沿紧密结合的基础研究领域开展自由探索研究，不仅关注“明天”，而且关注“后天”。
在战略高技术领域，要瞄准经济建设和社会发展重大需求，开展国家急需的关键共性技术研究和公益性研究。加强产学研用深度融合，在若干战略性领域，构建开展大团队协同创新的组织模式和管理体制，大幅提升高校承担和攻克重大科技创新项目的能力。围绕产业转型升级的重大需求，着力突破一批重点领域的关键共性技术，拥有一批自主知识产权，为增强战略新兴产业的核心竞争力奠定坚实基础。大力发展民生科技，促进科技对改善民生的支撑作用。
在区域创新领域，要围绕区域经济社会发展的需求，主动贴近、主动融入、主动服务，制定“高等学校服务地方产业发展行动计划”，以政府为主导，引导高校参与以企业为主体、市场为导向、产学研用结合的技术创新体系建设，引导企业和高校共建产学研用合作创新平台，加速科技成果转化，充分发挥高校在区域创新体系建设中的骨干和引领作用。
2、打破学科之间藩篱，促进跨学科协同创新
学科是人们对知识的一种人为划分方式，随着人类对自然认识的深入，各学科的外延不断扩大，学科之间的原有藩篱逐渐模糊，新的科学发现往往需要突破学科围墙，强化学科交叉。近100多年里，交叉科学运用多种学科的理论和方法，消除了各学科之间的脱节现象、填补了各门学科之间边缘地带的空白。像如今的纳米科学、基因工程、登月计划等等都是大型跨学科研究的典型。关于诺贝尔奖的一项统计数据指出，20世纪诺贝尔奖获奖者中，超过40％获奖者的发现是在多学科的交叉领域，尤其在上个世纪最后25年，自然科学领域的诺贝尔奖中授予在交叉学科领域做出贡献的科学家超过了50％。
高校学科门类众多，若推动学科交叉融合，可以促进思维相互碰撞，是十分有利于创新的。但是目前大部分高校的研究都偏向于在自己的学科领域进行的小科学研究，学科或学院之间存在壁垒，“各立独户”、“单打独斗” 的现象仍十分普遍。学院对于自我利益的追求远远大于对于真理本身的追求，所谓跨学院合作仍然只是应景式的形式合作，项目负责人简单地将资金分配给不同学院的项目成员，结题时也只是将各学院的成果进行简单汇总，并非基于攻克某个重大问题前提下进行的各学科的通力合作，这样的运作方式是很难有大成果产生的。
大学内部需要打破学科之间藩篱，促进跨学科协同创新，突破学科内的固有思维和模式，鼓励尝试用其他学科的思维方法研究本领域的问题。学校应鼓励各学院站在更高的高度，将目光更多投入学科边缘和交叉地带，并综合多学科研究方法，寻找到更多的创新基点。
3、冲破校企之间围墙，推进校企全面战略合作
我国的产学研体系是计划经济时代的产物，加之互相缺乏沟通协调、互相封闭，各个环节难对接，创新效率难提高。一项研究显示，目前我国的科技成果转化率大约在25％左右，真正实现产业化的不足5％，与欧美先进国家有很大差距。而我国高校尽管专利发明申请量快速增长，但收益普遍不佳，高校实际获得的收入要比合同金额小很多，例如2008年专利出售的合同金额为 4.48 亿元，而实际收入却只有2.08亿元。
事实上，校企之间存在着广阔的合作空间。企业资金实力雄厚，能够为学校提供所需的科研经费；作为技术创新主体，企业对技术创新的意愿和需求越来越迫切，对于高校的科研人才和科研成果也日益关注；企业长期面向市场，经历市场考验，深谙哪些成果能够真正转化为实用技术、实现产业化并获取利润，能够协助大学科研成果实现产业化；企业能够为大学提供学生的实习和实训场所，让学生直接面对现实问题，锻炼强化解决问题的能力，补充课堂内外知识。
大学则能够为企业提供教学和科研方面的营养补给。大学在高层次人才、学科、基础研究、育人等方面有其优势，在当前企业的自主研发能力仍然薄弱，从事基础科研活动的科学家和工程师相对有限的情况下，能够更好为企业进行人才培训和技术创新提供支持。
高校与企业应相互配合，把产学研结合作为提高自主创新能力的战略举措。学校应考虑企业作为技术创新的主体性，把产学研结合的基点放在技术创新需求上，努力将学科链和企业的产业链有机衔接起来，通过加强产学研合作，能够把创新主体、创新要素和创新环境有效地结合起来，整体增强我国企业的技术创新能力和产业核心竞争力，降低关键领域和重点行业的对外技术依存度。
学校应通过搭建人才培养和科技创新平台的方式强化合作内容，形成稳定的联系载体来培养人才、开展长期的联合项目攻关。这类平台可以是共建学院、研究院、博士后流动站等方式，主要用以联合培养高层次复合型人才，为特定领域源源不断地输入充满活力的急需力量；可以是研发中心、实验室，用以开展高水平的联合攻关。在平台建设的基础上，校企可进一步制定和实施战略合作联席会议制度，研究制定合作计划，检查各合作项目落实情况，协调处理合作中重大问题，主动加强项目间的沟通与衔接，使合作项目落到实处。
4、整合科技创新资源，构建协同创新战略联盟
协同创新鼓励高校主动同科研机构、企业开展深度合作，尤其是建立协同创新战略联盟。当前，产学研合作多是企业与高校或科研院所基于共同需求、围绕某个项目自发形成的合作，这类合作缺乏政府参与，缺乏战略层面的谋划，仅仅依靠学校个别或若干学科的简单配合，没有形成官产学研结合的长效机制。
以学科集群与产业集群为基础的协同创新是产学研结合新模式，是知识经济时代产业发展和学科发展的必然趋势，是攻克复杂性难题的新手段。协同创新需要各个创新主体进行一般性资源共享、开展跨机构多项目协作、构建战略联盟等等，进而形成稳定的协同创新机制。建立战略联盟通常是协同创新发展到一定程度后的产物，在创新战略联盟中，参与产学研结合的企业已经不再是以个别企业与高校的联合，而是突出以众多相关的创新组织和相关机构的集聚形态，既独立自主又彼此依赖，既有专业分工又有资源互补。
近年来，我国针对性地在战略性新兴产业和重点振兴产业布局了不少产业联盟，2007年6月10日，国家科技部、财政部、教育部等部委联合召开会议，正式启动产业技术创新战略联盟试点工作，在战略性新兴产业和重点产业组织56个联盟开展试点。这些创新联盟主要以企业为主体、市场为导向、产学研相结合为手段，增加企业、科研院所、大学等创新实体的深度资源共享和充分沟通协作，集中开展国家急需的战略性研究、科学技术尖端领域的前瞻性研究和涉及国计民生重大问题的公益性研究。
创新联盟持续健康的发展需要关注几个重要问题：一是组织管理机制问题，即要协调产业集群与学科集群间的对接、管理等，对具备建立协同创新联盟条件的大学、科研院所和企业，最好国家层面进行引导、支持和统筹，建立协同创新中心，启动协同创新项目，加强试点和推广工作；二是协同创新组织的绩效评价问题，需要明确协同创新的方向和目标，建立高校科学评价制度，改革高校对教师工作的评价机制，改革人事管理制度，探索与国际接轨的人事聘用和分配制度，形成促进产学研协同创新的激励机制和约束机制；三是权益分配机制问题，政府和产学研各方需事先确认各自利益范围与责任边界，设定风险分担和利益分配机制，并辅以一定的风险投资机制；四是资源共享问题，主要是要关注各创新主体如何实现优势互补；五是信息沟通机制问题，主要是强调各创新实体在市场信息、科技信息、生产信息、融资信息方面如何沟通与交流。
5、联合科技教育产业资源，促进人才培养协同创新
大学生尤其是研究生，是科技创新可持续发展的重要力量。大学需以全面提升人才质量为主线，不断更新教育观念，深化教育教学改革，着力培养学生的创新能力、实践能力和社会适应能力，以此造就一批未来学科领军人物和一大批适应国家和区域经济社会发展需要的拔尖创新人才。
国内用人单位普遍反映大学生所学的书本知识与现实需求相差太远。国内高校要充分利用战略联盟和战略合作的契机，使得企业利用战略合作单位的实习实践平台，构建高校与企业、行业、科研院所开放式的人才联合培养机制。
高校应积极转变观念，强调“理论与实践并重，知识与运用结合”，改变单纯书本灌输的方式，提高实践实习课的学分比重；应鼓励学生走出封闭的实验室，建立与企业研发人员不断沟通交流、共同发现问题和解决问题的互动式科研环境；应积极邀请战略合作单位的专家担任大学教授和讲师，开展专题课程和讲座，传授实战经验而非传统意义上的“纸上谈兵”。通过校企联合培养，帮助学生提升实战经验、验证所学理论、开拓视野、强化解决问题的能力。另外，学校还应与战略合作单位积极配合，提前进入人才培养和选拔过程，为优秀学生创造条件，使其毕业后能够优先进入这些大型企业工作。即使学生没能进入实习单位，也可借由校外单位实践经验的积累更好满足其他用人单位的要求。
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